g_mmpbsa gromacs plug in
- Mohd Athar
- May 8, 2021
- 1 min read
#################g_mmpbsa#####################################################
../../../g_mmpbsa/bin/g_mmpbsa -f md_0_1_noPBC20-50ns_10000.xtc -s md_0_1.tpr -n protein+lig.ndx -i pbsa.mdp -pdie 8 -pbsa -decomp
g_mmpbsa -f 1EBZ.xtc -s 1EBZ.tpr -n 1EBZ.ndx -i pbsa.mdp -pdie 2 -pbsa -decomp -b 18000 0e 20000
Average binding energy calculation
python MmPbSaDecomp.py -bs -nbs 2000 -m contrib_MM.dat -p contrib_pol.dat -a contrib_apol.dat
python MmPbSaStat.py -m energy_MM.xvg -p polar.xvg -a apolar.xvg (or sasa.xvg)
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